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Cre-lox介绍及使用

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1987年Brian Sauer博士报道了Cre-loxP重组系统可用在细胞中操作特定位点的特异性重组,由于该系统具有操作简单、重组率高的优点,如今已成为体内外遗传操作的常用工具。现在利用Cre-lox系统,我们可以在特定细胞、组织或整个生物体,甚至在特定时间点敲除或表达某个基因,实现对特定基因的时空特异性操作,这对基因功能的研究和人类疾病动物模型的建立都有重大意义。

1.什么是Cre-lox系统?

从名字就能知道这套系统的两个主要组成部分:

Cre重组酶

环化重组酶(Cre, cyclization recombinase),是酪氨酸位点特异性重组酶之一,能催化两个DNA识别位点之间的位点特异性重组。Cre重组酶来源于P1噬菌体,由 343个氨基酸组成,能特异性地识别Lox位点。除Cre以外,此类重组酶还有Flp(flipase)和Dre(D6特异性重组酶)。

Lox位点

Cre重组酶识别的回文DNA位点,也叫loxP (locus of X-over P1) 位点,长34bp,其特征结构为 ATAACTTCGTATA -NNNTANNN-TATACGAAGTTAT。两边反向互补的13个碱基为Cre重组酶的识别序列,中间的8个碱基为重组发生位置,这也决定了loxP的方向。N表示可变碱基,不同的碱基选择可形成不同的 Lox位点,除了野生型loxP,常见的还有 Lox2272,Lox511,Lox5171等。

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图1 . loxP位点及其突变体位点(图片来自Ref.1)

在同一个 DNA 分子上,根据Lox位点的位置与方向,可能会发生3种不同的重组事件:

(1)切除:当两个Lox位点在同一染色体上且方向相同时,将切除同向Lox位点之间的DNA序列。

(2)反转:当两个Lox位点位于同一染色体上且方向相反时,两个Lox位点之间的序列发生序列反转,即颠倒。

(3)易位:如果两个Lox位点位于不同的染色体上且方向相同,将导致2条染色体上DNA片段的交换。

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图2. Cre的重组机制。A)loxP位点的基本结构。红色箭头指示loxP位点的方向。B)Cre-loxP介导的易位重组。C)左图示Cre介导两同向loxP位点间的切除重组。右图示Cre介导两反向loxP位点间的反转重组。(图片来自Ref.2)

2.体内Cre-lox系统的基础应用

Cre-lox系统通常包括两种小鼠:一是Cre工具鼠,该小鼠中的Cre重组酶由特定启动子驱动,可在特定细胞或组织表达Cre重组酶;二是Flox小鼠,即在小鼠靶基因序列两侧带有Lox位点。将上述两种小鼠杂交繁育,子代中可以获得既带有Cre又带有Flox基因的小鼠,即基因条件性敲除或过表达小鼠。

2.1基因条件性表达

基因条件性表达所需要的Flox小鼠,一般在靶基因与启动子之间有一个“终止盒”(lox-stop-lox)。这些Flox小鼠与细胞类型特异性表达Cre的转基因小鼠交配后获得的子代小鼠中,在每个表达Cre重组酶的细胞中,终止盒被Cre切除,因此仅在这些细胞中表达所需的转基因。

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图3. 条件性基因表达小鼠原理示意图(图片来自Ref.3)

2.2 基因条件性敲除

基因条件性敲除的Flox小鼠,一般在需要切除的DNA片段两侧带有同方向的两个Lox位点(lox-GENE-lox)。与细胞类型特异性Cre小鼠交配后,Cre 重组酶会识别Lox位点,导致靶基因被敲除。

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图4. 条件性基因敲除小鼠原理示意图(图片来自Ref.3)

3. 更精准的诱导型Cre-lox系统

为了能够更准确地进行遗传功能研究,时间特异性的Cre-lox(也叫诱导型Cre-lox)被开发出来,可用于研究生物体发育过程特定阶段的基因功能,或用来进行谱系示踪等。常用诱导型Cre-lox系统有:

3.1 CreER系统

也叫他莫昔芬(Tam)诱导的Cre系统,将Cre与雌激素受体ER融合,可通过他莫昔芬(Tam)诱导Cre的重组活性。在没有他莫昔芬的情况下,CreER融合蛋白与热休克蛋白90(HSP90)相互作用并存在于细胞质中(图5.1)。给予他莫昔芬药物处理会破坏HSP90与CreER的相互作用(图5.2)。ER与Tam的相互作用诱导Cre的核易位(图5.3)。在细胞核中,CreER识别loxP位点(图5.4)并使组织X中的基因Y失活(图5.5)。CreERT2在体内对药物诱导的敏感性更高,因此一般优选使用CreERT2。

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图5. 他莫昔芬(Tam)诱导的Cre系统。(图5-7来自Ref.4)

3.2 Cre;Tet系统

四环素诱导系统,也叫强力霉素(Dox,四环素衍生物)诱导的Cre系统。该系统有两种模式:Tet-on和Tet-off,分别是Dox依赖性Cre的激活和Dox依赖性Cre的失活。Tet系统包括以下元件:反向四环素控制反式激活因子(rtTA);四环素控制反式激活因子(tTA);四环素响应元件(TRE),通常是19个核苷酸的四环素操纵子(tetO)序列的7个重复,调节Cre基因的表达。Dox通常在小鼠的饲料或饮水中进行给药。

Cre;Tet-on系统:在Tet-on系统中,表达普遍存在的或组织特异性的启动子驱动的rtTA。在没有Dox的情况下,失活的rtTA无法与负责调控Cre基因的TRE序列结合,则Cre不表达。在Dox给药之后,Dox结合并激活rtTA。激活的rtTA与TRE序列结合并诱导Cre表达。

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图6. Dox诱导的Cre;Tet-on系统。Dox给药才能打开Cre表达

Cre;Tet-off系统:另一方面,在Tet-off系统中,在没有Dox的情况下,激活的tTA能够结合Cre前的TRE序列并诱导Cre表达。而在Dox给药后,与Dox相互作用的tTA被灭活。灭活的rTA不再与TRE结合,因此Cre表达受到抑制。

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图7.  Dox诱导的Cre;Tet-off系统。Dox给药后关闭Cre表达

4.南模生物Cre工具鼠库

南模生物可提供超过300多种自主产权Cre工具鼠,覆盖全身各类型的细胞组织,满足科研人员多样化的需求。同时,我们还在对Cre工具鼠进行全面的验证,目前已经完成了100多种Cre工具鼠的验证工作。

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为了方便大家更快的找到自己想要的Cre工具鼠,我们还特别定制了Find Cre搜索系统,该系统现已在官网上线,免费使用。Find Cre整个界面以小鼠组织、器官和系统为主线,可分为肺、肝、胃肠道、乳腺、胰腺、感觉器官、心血管系统、免疫系统、神经系统、泌尿生殖系统、骨骼肌系统以及其他组织器官。选择自己感兴趣的组织器官,就可以查看该组织下可用的Cre工具鼠。

部分Cre品系验证数据如下:

1

Myh6-Cre

Myh6特异性靶向小鼠心肌细胞,验证数据证明Myh6-Cre鼠是可以用于心脏特异性基因编辑的工具鼠。

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图8. 荧光检测tdTomato在Myh6-Cre; Rosa26 tdTomato 小鼠胚胎中的表达,结果表明在E13.5和E14.5天小鼠心肌细胞均有tdTomato表达。

2

Alb-CreERT2

Alb-CreERT2小鼠是研究肝脏基因功能与疾病的重要小鼠品系,验证数据证明Alb-CreERT2小鼠可以成为实现肝脏时间特异性敲除或表达的工具鼠。

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图9. Alb-CreERT2; Rosa26-LacZ小鼠肝组织X-gal染色。未使用他莫昔芬诱导的小鼠,肝细胞未被染色;使用他莫昔芬诱导的小鼠,肝细胞成功着色。

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图10. Alb-CreERT2; Rosa26-LacZ小鼠肝组织免疫荧光检测。Alb-CreERT2; Rosa26-LacZ小鼠被他莫昔芬诱导后,LacZ(红色)表达。

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图11. Alb-CreERT2小鼠血生化检测。结果显示Alb-CreERT2小鼠与野生型小鼠相比肝功能正常


3

Pvalb-Cre

Pvalb-Cre在中间神经元中表达iCre重组酶,而不干扰内源性Pvalb表达。这些小鼠可能对研究神经元分化有用。

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图12. 荧光检测Pvalb-Cre+/-; Rosa26 tdTomato+/-小鼠大脑皮层中间神经元tdTomato的表达。


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图13. 荧光检测Pvalb-Cre+/-; Rosa26 tdTomato+/-小鼠海马中间神经元tdTomato的表达。

结果显示:双阳性小鼠海马中间神经元有tdTomato的表达,表达类型符合预期。


4、Ucp1-CreERT2

Ucp1-CreERT2在棕色脂肪中表达CreERT2重组酶,验证数据证明Ucp1-CreERT2小鼠是可以用于棕色脂肪特异性基因编辑的工具鼠。


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图14. 荧光检测 Ucp1-CreERT2+/- ; R26-tdTomato+/-  小鼠棕色脂肪和白色脂肪中 tdTomato 的表达。Ucp1-CreERT2 小鼠与 R26-tdTomato 小鼠进行交配,取棕色脂肪组织和白色脂肪组织进行荧光显微镜拍照。实验结果显示 Ucp1-CreERT2 小鼠经 Tamoxifen 诱导后可以在棕色脂肪中表达。


5

Tyr-CreERT2

Tyr-CreERT2特异性靶向黑色素细胞,验证数据证明Tyr-CreERT2鼠是可以用于黑色素细胞特异性基因编辑的工具鼠。

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图15. 荧光检测 Tyr-CreERT2+/- ; R26-tdTomato+/-  小鼠尾部表皮基底层的表达情况。

(A) R26-tdTomato+/-小鼠使用他莫昔芬诱导,表皮基底层的黑素细胞无红色荧光信号。

  (B) Tyr-CreERT2+/- ; R26-tdTomato+/-小鼠腹腔注射玉米油,表皮基底层的黑素细胞无红色荧光信号。

(C) Tyr-CreERT2+/- ; R26-tdTomato+/-小鼠腹腔注射他莫昔芬,表皮基底层的黑素细胞出现红色荧光信号。

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图16. Tdtomato表达位置图;结论:Tyr-CreERT2+/- ; R26-tdTomato+/-  小鼠他莫昔芬诱导后表达在尾部皮肤基底层(白色虚线所示)的黑色素细胞(白色箭头所指)。



References

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